由於三聖街發生爆水管事故，當局須封閉道路進行搶修工程， K51 及 K53 線往富泰/西鐵屯門站方向須改行另一段三聖街，而令兩線不能途經三聖站。受影響的乘客請改用輕鐵三聖總站站。該臨時改道將在三聖街重開後終止實施。

因有車輛發生碰撞後，阻塞了天城路近嘉湖銀座的輕鐵交匯處路軌，輕鐵列車服務由銀座站往天慈站方向，在 6 月 18 日晚上七時後，曾受阻約十五分鐘。當發生意外的車輛移離交匯處後，輕鐵列車服務陸續恢復正常。

輕鐵在 6 月 12 日晚上約十時半，發生架空電纜故障，令杯渡路一帶的列車服務受影響，輕鐵安排緊急接駁巴士，行走兆康至屯門碼頭及三聖。輕鐵在事發後二十分鐘搶修完畢，列車服務隨後回復正常。

「九鐵安全運動 2006 」當中的一個活動，是舉辦一系列的公民教育活動，宣傳乘搭九鐵時須注意的安全事項。輕鐵將在 6 月 14 日至 28 日，在天水圍及元朗數個主要輕鐵站，宣揚安全訊息。

輕鐵將於 6 月 14 日、 21 日及 28 日，在天水圍頌富站、銀座站、天慈站、天耀站、元朗總站及元朗的豐年路站，派發「醒目安全貼士」小冊子，介紹橫過輕鐵路軌、候車、上落車及在車廂內應注意的安全事項，藉此提高市民的安全意識。